Biến chứng bệnh tay chân miệng chủ yếu ảnh hưởng đến hệ thần kinh, thần kinh thực vật, tim mạch và hô hấp. Các biến chứng nặng có thể gồm viêm màng não vô khuẩn, viêm não, viêm thân não, viêm não tủy hoặc liệt mềm cấp, rối loạn thần kinh thực vật,...
